Fujimiya Momiji es un descendiente del clan Kushinada, donde las mujeres poseen el poder para derrotar el Aragami, una planta alien, mediante el sacrificio. Después de siglos de sueño, Aragami se ha levantado y esta invadiendo Tokio, como primer paso para conquistar el mundo. En su camino están las desdichadas animadoras Momiji, que están infectadas con uno de los "Blue Seeds" - magatama cuenta que son el corazón y el alma en el Aragami - el TAC, una agencia del gobierno que intentan hacer una misión en solitario para derrotar al Aragami, y Kusanagi Mamoru, un joven, que busca venganza, ya que le arrebato a su familia. Como los héroes del pasado, deberán trabajar juntos, para vencer a la amenaza y salvar el mundo.