Sakura, ya de catorce años, comienza su secundaria con sus amigos de siempre, incluyendo a Syaoran, quien acaba de regresar de Hong Kong. Tras tener un sueño con un misterioso ser encapuchado, todas las Cartas Sakura se vuelven transparentes, perdiendo así sus poderes mágicos, por lo que tendrá que comenzar una búsqueda para averiguar qué está pasando.
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Precuela: Cardcaptor Sakura: Clean Card-hen Prologue: Futatsu no Kuma