Clannad esta localizada en una secundaria en algun pueblo Japones. Okazaki Tomoya es un estudiante de 3er año que no toma en serio sus estudios, siempre llega tarde a clases y está catalogado por sus demas compañeros quienes están ocupados con sus examenes de ingreso como un delincuente, innecesario decir que tiene una mala relación con los demas. Nada parece cambiar para Tomoya - hasta que un día, conoce a Furukawa Nagisa, una chica que se quedó sin amigos en la escuela, por que todos ellos ya se habian graduado. Al principio la ve como una muchacha torpe, pero siente que no la puede dejar sola y mientras que la ayuda, conoce más chicas de su escuela; sin embargo eso a el no le importa, ya que para el ella es primero que cualquier cosa, y decide abrirle su corazon.