Grisaia no Rakuen continua el hilo de la historia dejado en Grisaia no Meikyuu, en la cual Kazami Yuuji se encuentra detenido por una presunta participación en una organización terrorista. Mientras tanto, en la Academia Mihama, las chicas se encuentra acorraladas y en contra del tiempo por el posible cierre de la Academia por problemas financieros.