La historia se ubica 50 años despues de la batalla final contra la Reina Himika y el Imperio Yamatai en la isla de Kyushu, al sur de Japon. La isla está cubierta por una densa capa de niebla oscura desde el día de la batalla final, que la mantiene aislada del resto de Japón.
Así ha permanecido durante 50 años, hasta que un día, cuando esa barrera comienza a moverse, un temblor sacude Japón y aparece un "Haniwa Genjin", un monstruo gigante. La Reina Himiko y sus 3 generales, quienes no habían sido destruidos, sino sellados, vuelven a la vida y mantienen sus intenciones de hacerse con la campana de bronce y destruir a la humanidad.
Esta oportunidad, el encargado de hacerles frente sera Kenji Kusanagi, un estudiante de secundaria, quien se convertirá en el piloto del nuevo Kotetsushin Jeeg.