La historia del juego es una copia de la historia original de Madoka Mágica, que tiene lugar en la ciudad en expansión de Kamihama. Guiadas por un extraño poder, las chicas mágicas se reúnen en esta ciudad y luchan con un nuevo poder de las brujas. Iroha Tamaki llega a esta ciudad y se une a otras chicas mágicas para buscar a su hermana menor, Ui. En poco tiempo, Homura Akemi también llega a la ciudad. “Si puedo entender el misterio de esta ciudad, tal vez pueda salvar a Kaname.”