Meses despúes de convertirse en una Magical Girl, Nanoha es aún incapaz de encontrarse con su nueva amiga Fate Testarossa, quién esta siendo juzgada en la Oficina Administrativa del Tiempo/Espacio por su complicidad en el caso de la Logia Perdida. Esperan verse pronto, pero su reunion no será una muy feliz. Unos nuevos enemigos llamados Caballeros Velka-Type quieren llenar las páginas del Libro de la Oscuridad robando el poder mágico de quién se cruce por su camino.