Shunta Mogami ama el juego Battle Spirits. Un día una carta de dicho juego lo transporta al mundo de los espíritus, el origen de Battle Spirits. Allí encuentra a una chica llamada Eto, quien le dice que lo llevó a ese mundo para prevenir su destrucción a manos del malvado God-King que recién resucitó, y que una vez ya intentó destruirlo antes de que le sellaran. Shunta tendrá que encontrar las doce cartas, las God-Kings, para sellar nuevamente al malvado God-King.