Naegi Makoto está bajo sospecha de traición tras encubrir un remanente de Despair. La Future Foundation, fundada para salvar al mundo del caos causado por Ultimate Despair, se reúne para decidir su castigo una vez Monokuma lo atrapa. Confiando en un último juego de muerte deberá encontrar al verdadero traidor y asesinarlo para poder sobrevivir. Una historia donde la esperanza mata a la esperanza comienza.
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