El inspector Zenigata es arrestado por cargos de conspiración por ayudar a Lupin.
Sin embargo, Lupin está detrás de un diamante especial llamado Cristal Temporal que también es la clave para controlar una supercomputadora cuántica que se puede utilizar para goberanar el mundo.
Mientras Lupin intenta robar el cristal, Jigen lo traiciona. Lupin y Goemon deberán enfrentarse a Jigen, por el destino del Cristal Temporal.