Basado en la novela de Futaro Yamada. Ninja Resurrection sigue las aventuras de un joven Jubei Yugyu en la asignación especial del general del clan de Toyotomi. El capítulo comienza con la introducción del cristianismo en el Japón feudal y cómo un joven se convierte en el próximo salvador.
Después de ser expulsado de su religión, él continúa entregando sus enseñanzas al mundo. Las guerras y las persecuciones religiosas siguen. Así se encuentra a Jubei y su grupo pequeño enviados para asesinarlo.
Pese a que en principio la serie estaba destinada a tener cuatro ova's, fue cancelada por la controversia generada, por lo que las dos que se llegaron a emitir se encuentran inconclusas.