Hace cien años un gran poder desató una terrible calamidad que azotó Ciudad Dahara. Gracias a que un hombre misterioso selló ese poder en Prison Bottle, la ciudad se salvó y llegó una era de paz.
Ahora, Ash y sus amigos llegan a Ciudad Dahara, donde se encuentran con el raro pokémon Hoopa así como a su entrenadora Mary. Sin embargo, cuando el hermano mayor de Mary, Barza, encuentra Prison Bottle en el desierto, comienzan a aparecer múltiples pokémon legendarios en la ciudad. Esto dará origen a un nuevo comienzo, la batalla de hace un siglo reinicia. Esto desencadena un cataclismo que fuerza la aparición de aún más pokémon legendarios que se unirán a la batalla.