Era un lugar tranquilo, en un apartado rincón de Japón. El cielo azul se extendía hasta donde alcanzaba la vista. El mar azul también se extendía hasta donde alcanzaba la vista. Para los chicos y chicas que vivían allí, parecía otro día más.
"¿Estás ahí?"
Un día, los chicos y chicas empezaron de repente a recibir este mensaje. En el momento en el que contestaron "Sí", un rayo de luz cruzó el cielo azul. La luz era tan bonita... pero esa luz fue la que les devolvió a la cruda realidad. El enemigo apareció de repente. Fue demasiado rápido para ellos como para aceptarlo. Estaban a merced de aquella ola.
¿Que tendrían que haber contestado para vivir?
Un chico, Makabe Kazuki, se decidió a ir a Fafner para sobrevivir, aunque también para escapar de la realidad...