Una misteriosa forma de vida conocida como Savage está atacando la tierra y sólo hay una manera de contrarrestarla: el Hundred. Para convertirse en Slayer, un maestro en las artes militares capaz de manejar el Hundres, Kisaragi Hayato se enlista en la marina, en un pequeño barco llamado "Little Garden". Sin embargo, Hayato siente una extraña pero familiar sensación de incongruencia hacia Emile Crossford, su compañero de cuarto, ya que éste dice conocerlo. Por si fuera poco, tan pronto como entra a la academia, la Reina, Claire Harvey, la Slayer más poderosa, lo reta a un duelo.